昭和62年(1987年)
中四国地域で初めての遺伝子実験施設として設置される。
専任助教授1名と助手1名でスタート。
平成元年(1989年)
西条キャンパスに施設建物が竣工、同年5月から学内共同利用施設として運用を開始した。
平成5年(1993年)
「遺伝子操作技術研修会」の設置に伴い専任教授1名が認められ、専任教官3名体制となる。
平成10年(1998年)
大学院先端物質科学研究科・分子生命機能科学専攻の協力講座(染色体機能学)となり、学生定員をもつ研究機関となった。
平成15年(2003年)
遺伝子実験施設・医学部附属動物実験施設・機器分析センター・低温センター・アイソトープ総合センターを統合し自然科学研究支援開発センターに改組。
平成31年(2019年)4月
大学院が統合生命科学研究科に改組され、教育研究は生物工学プログラム所属の染色体機能学研究室として実施。
令和元年(2019年)11月
センターに機器共用・分析部門を新設して3部門体制に再編成され、総合実験支援・研究部門 遺伝子実験部 に改称。
令和8年(2026年)
自然科学研究支援開発センターと技術センターが合併し、より協力的に研究支援を実施するコアファシリティマネジメントセンターに改組されたことに伴い、技術開発・支援統括部門 総合実験支援・研究部 遺伝子実験室 に改称。